MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 20223

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	ATG	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244089
2	NC_017436	GTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244089
3	NC_017436	TCC	2	6	1351	1356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244089
4	NC_017436	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244089
5	NC_017436	T	6	6	1384	1389	0 %	100 %	0 %	0 %	385244089
6	NC_017436	AGC	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244089
7	NC_017436	AAG	2	6	1403	1408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244089
8	NC_017436	TAC	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244089
9	NC_017436	GCT	2	6	1451	1456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244089
10	NC_017436	AGTA	2	8	1489	1496	50 %	25 %	25 %	0 %	385244089
11	NC_017436	AAC	2	6	1549	1554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244089
12	NC_017436	AGA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244089
13	NC_017436	AGA	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244090
14	NC_017436	ATC	2	6	1824	1829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244090
15	NC_017436	TGC	2	6	1844	1849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244090
16	NC_017436	ATGA	2	8	1893	1900	50 %	25 %	25 %	0 %	385244090
17	NC_017436	GATA	2	8	1931	1938	50 %	25 %	25 %	0 %	385244090
18	NC_017436	CAT	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244090
19	NC_017436	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244090
20	NC_017436	AAG	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244090
21	NC_017436	GGA	2	6	2061	2066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244090
22	NC_017436	AG	3	6	2153	2158	50 %	0 %	50 %	0 %	385244091
23	NC_017436	ATC	2	6	2190	2195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244091
24	NC_017436	TTTC	2	8	2228	2235	0 %	75 %	0 %	25 %	385244091
25	NC_017436	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244091
26	NC_017436	AAC	2	6	2365	2370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244091
27	NC_017436	GGT	2	6	2419	2424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244091
28	NC_017436	AAT	2	6	2525	2530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244091
29	NC_017436	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244091
30	NC_017436	GCA	2	6	2579	2584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
31	NC_017436	GGA	2	6	2627	2632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244091
32	NC_017436	CAG	2	6	2646	2651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
33	NC_017436	GTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244091
34	NC_017436	GGT	2	6	2755	2760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244091
35	NC_017436	GA	3	6	2821	2826	50 %	0 %	50 %	0 %	385244091
36	NC_017436	T	6	6	2828	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	385244091
37	NC_017436	AAG	2	6	2913	2918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
38	NC_017436	ATT	2	6	2975	2980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244091
39	NC_017436	TTG	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244091
40	NC_017436	CATG	2	8	3109	3116	25 %	25 %	25 %	25 %	385244091
41	NC_017436	AAG	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
42	NC_017436	AAG	2	6	3153	3158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
43	NC_017436	CAG	2	6	3195	3200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
44	NC_017436	GCT	2	6	3266	3271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244091
45	NC_017436	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	385244091
46	NC_017436	TTCC	2	8	3414	3421	0 %	50 %	0 %	50 %	385244091
47	NC_017436	AAG	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
48	NC_017436	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
49	NC_017436	GGA	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244091
50	NC_017436	AAT	2	6	3579	3584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244091
51	NC_017436	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	385244092
52	NC_017436	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244092
53	NC_017436	TGA	2	6	3689	3694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244092
54	NC_017436	TTTA	2	8	3812	3819	25 %	75 %	0 %	0 %	385244092
55	NC_017436	GTA	2	6	3921	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244092
56	NC_017436	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	385244092
57	NC_017436	AGA	2	6	3968	3973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244092
58	NC_017436	ATCC	2	8	4112	4119	25 %	25 %	0 %	50 %	385244092
59	NC_017436	GAA	2	6	4152	4157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244092
60	NC_017436	CGT	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244092
61	NC_017436	A	7	7	4328	4334	100 %	0 %	0 %	0 %	385244092
62	NC_017436	GTT	2	6	4335	4340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244092
63	NC_017436	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	385244092
64	NC_017436	A	7	7	4374	4380	100 %	0 %	0 %	0 %	385244092
65	NC_017436	TGA	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244092
66	NC_017436	AT	3	6	4514	4519	50 %	50 %	0 %	0 %	385244092
67	NC_017436	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	385244092
68	NC_017436	TTG	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244092
69	NC_017436	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244092
70	NC_017436	TCT	2	6	4800	4805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244092
71	NC_017436	AGA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244092
72	NC_017436	GTT	2	6	4847	4852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244092
73	NC_017436	GACG	2	8	4859	4866	25 %	0 %	50 %	25 %	385244092
74	NC_017436	GGT	2	6	4895	4900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244092
75	NC_017436	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244092
76	NC_017436	TTGG	2	8	4962	4969	0 %	50 %	50 %	0 %	385244092
77	NC_017436	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244092
78	NC_017436	AGC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244092
79	NC_017436	ATT	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244093
80	NC_017436	TCT	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244093
81	NC_017436	GCT	2	6	5213	5218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244093
82	NC_017436	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	385244093
83	NC_017436	GAT	2	6	5248	5253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244093
84	NC_017436	TC	3	6	5264	5269	0 %	50 %	0 %	50 %	385244093
85	NC_017436	GA	3	6	5275	5280	50 %	0 %	50 %	0 %	385244093
86	NC_017436	ACG	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244093
87	NC_017436	GAA	2	6	5310	5315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
88	NC_017436	TGGA	2	8	5323	5330	25 %	25 %	50 %	0 %	385244093
89	NC_017436	AT	3	6	5379	5384	50 %	50 %	0 %	0 %	385244093
90	NC_017436	AGA	3	9	5387	5395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
91	NC_017436	GCT	2	6	5396	5401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244093
92	NC_017436	AGA	2	6	5405	5410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
93	NC_017436	TGG	2	6	5441	5446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244093
94	NC_017436	AGA	3	9	5459	5467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
95	NC_017436	GGA	2	6	5468	5473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244093
96	NC_017436	TG	3	6	5532	5537	0 %	50 %	50 %	0 %	385244093
97	NC_017436	T	6	6	5610	5615	0 %	100 %	0 %	0 %	385244093
98	NC_017436	TCA	2	6	5653	5658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244093
99	NC_017436	GGA	2	6	5690	5695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244093
100	NC_017436	CTTT	2	8	5700	5707	0 %	75 %	0 %	25 %	385244093
101	NC_017436	CTT	2	6	5750	5755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244093
102	NC_017436	CTG	2	6	5756	5761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244093
103	NC_017436	CAG	2	6	5911	5916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244093
104	NC_017436	AG	3	6	5940	5945	50 %	0 %	50 %	0 %	385244093
105	NC_017436	GGGA	2	8	6215	6222	25 %	0 %	75 %	0 %	385244093
106	NC_017436	AGG	2	6	6440	6445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244094
107	NC_017436	GAA	2	6	6484	6489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244094
108	NC_017436	GGTG	2	8	6518	6525	0 %	25 %	75 %	0 %	385244094
109	NC_017436	AAAT	2	8	6584	6591	75 %	25 %	0 %	0 %	385244094
110	NC_017436	GCA	2	6	6748	6753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244094
111	NC_017436	AAG	2	6	6789	6794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244094
112	NC_017436	TGC	2	6	6822	6827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244094
113	NC_017436	TCG	2	6	7315	7320	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244095
114	NC_017436	TCC	2	6	7358	7363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244095
115	NC_017436	GTT	2	6	7466	7471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244095
116	NC_017436	AC	3	6	7648	7653	50 %	0 %	0 %	50 %	385244095
117	NC_017436	T	6	6	7684	7689	0 %	100 %	0 %	0 %	385244095
118	NC_017436	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	385244095
119	NC_017436	AAGC	2	8	7821	7828	50 %	0 %	25 %	25 %	385244095
120	NC_017436	TTA	2	6	7836	7841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244095
121	NC_017436	A	6	6	7968	7973	100 %	0 %	0 %	0 %	385244095
122	NC_017436	T	6	6	8053	8058	0 %	100 %	0 %	0 %	385244095
123	NC_017436	TTC	2	6	8159	8164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244095
124	NC_017436	ATTG	2	8	8219	8226	25 %	50 %	25 %	0 %	385244096
125	NC_017436	GAA	2	6	8303	8308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244096
126	NC_017436	AG	3	6	8391	8396	50 %	0 %	50 %	0 %	385244096
127	NC_017436	ACC	2	6	8431	8436	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385244096
128	NC_017436	CTT	2	6	8484	8489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244096
129	NC_017436	CT	4	8	8510	8517	0 %	50 %	0 %	50 %	385244096
130	NC_017436	GAG	2	6	8564	8569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244096
131	NC_017436	ATA	2	6	8581	8586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244096
132	NC_017436	GT	3	6	8592	8597	0 %	50 %	50 %	0 %	385244096
133	NC_017436	AGG	2	6	8605	8610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244096
134	NC_017436	AGCG	2	8	8686	8693	25 %	0 %	50 %	25 %	385244096
135	NC_017436	AAAG	2	8	8707	8714	75 %	0 %	25 %	0 %	385244096
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271	NC_017436	AAAT	2	8	15560	15567	75 %	25 %	0 %	0 %	385244102
272	NC_017436	TCA	2	6	15697	15702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244102
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274	NC_017436	GTA	2	6	15714	15719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244102
275	NC_017436	AG	3	6	15745	15750	50 %	0 %	50 %	0 %	385244102
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300	NC_017436	A	6	6	16864	16869	100 %	0 %	0 %	0 %	385244103
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390	NC_017436	AT	3	6	22511	22516	50 %	50 %	0 %	0 %	385244107
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